En el fondo, el ya eterno debate de defender las pelis de X-Men frente a los Vengadores y viceversa es un poco absurdo, en el sentido de que son estilos totalmente diferentes.
Los Vengadores es una pelicula donde lo que más importaba era el espectaculo, con todos sus ingredientes, accion, humor, ritmo y epica superheroica.
X1 y X2, sobre todo, fueron peliculas donde se le dio mas peso a la relacion de personajes, sacrificando un poco el espectaculo, mas notable en X1.
Por tanto, no es cuestion de que pelicula es mejor que la otra, porque no son el mismo estilo de direccion y planteamiento.
Unos prefieren una cosa en este tipo de cine, y otros valoran mas lo otro. Ambos son aceptables. Asi que realmente no hay una "mejor" o peor pelicula, porque todo se reduce a la preferencia de estilo de cada uno.
Edito: Eso sí, si realmente queréis hacer una comparacion más justa, Los Vengadores y X3, ya que esa si que le dio mas peso al espectaculo que a la trama y personajes. Y ahí sí que ya sabemos todos cual sale perdiendo, jajaja.