Yo de tí primero me decantaría por el personaje que mas te molara y a raíz de ahí...ve descubriendo cositas 
Que no es por eso, es por saber qué les lleva a dividir una serie en tantas colecciones diferente xD
Por ejemplo, estoy viendo la equivalencia USA-ESP de Spiderman que hay publicada por aquí. Empezamos por un BoME, luego se van a un Marvel Gold, después tenemos los coleccionables rojo y azul de Planeta (esto lo comprendo, los tienen otra editorial), un tomo de Forum, otro BoMe, otro Forum, luego habrá 100% Marvels y Deluxes por ahí más adelante...
Es que es jodido seguir una serie porque no sabes donde está publicada cada etapa...
Vale, creo que ahora ya lo entiendo.
Estás hablando de las líneas editoriales -los formatos, vaya- que se han utilizado para publicar el material a lo largo del tiempo.
No hay "una" razón para ello. En diferentes momentos de la edición en España del material americano, se ha optado por formatos que se han considerado los más adecuados dadas las circunstancias del mercado, eligiendo etapas que pudieran tener un tirón suficiente de ventas. Spiderman tiene 50 años de tebeos mensuales publicados en EUA, y aquí se ha publicado prácitcamente todo (la serie principal, las series "secundarias", las mini-series, los especiales...). Por desgracia, los continuos cambios de editorial que ha sufrido la edición hispana ha provocado que el cambio de formato sea algo habitual (el más "natural" que se ha producido fue en la transición entre Forum y Panini). A la hora de recopilar material antiguo, hay incluso más formatos, lo que provoca que la biblioteca de un completista sea realmente dispar y, como indicas, complejo de seguir.
Sería todo un reto (a día de hoy, me temo que imposible) publicar una serie completa desde el principio al "fin" con el mismo formato, cierto. La única manera sería que la misma empresa tuviera los derechos editoriales durante muchos años y apostara por un formato homogéneo en el que recopilarlo todo.
Ese es precisamente uno de los "sueños" del actual equipo editorial de Panini Comics: publicar las principales etapas de los principales personajes de Marvel en el mismo formato, el Marvel Gold de tapa dura al que por aquí llamamos Omnigold. Pero para conseguirlos, hacen falta muuuuchos años y, sobre todo, un apoyo continuo por parte de los lectores (cuyo "abandono" de formatos anteriores ha sido la razón principal de los vaivenes editoriales).