A ver, paso a paso.
Si realmente quieres conocer TODO el universo Marvel desde el principio en poco tiempo, no es por desanimarte pero lo tienes complicado.
El civil war no es mal punto de comienzo para saber como está (más o menos) el universo Marvel hace pocos años. Tienes que plantearte cuales son tus gustos.
Por ejemplo, el omni de Spiderman que mencionas son historias de los años 60, que no tienen casí nada que ver con lo que pasa ahora. Si quieres empezar por las historias clásica, los omnigolds son una buena opción.
Si por el contrario lo que te gusta son historias más modernas, historias como civil war y las colecciones modernas son tu opción.
No pienses que por no empezar con un personaje desde el número 1 (que igual es del año 1962) no te vas a enterar de nada. A día de hoy los tomos y cómics traen muchas reseñas y cuando lleves un poco de tiempo en esto te irás empapando más.
Cualquier duda, ya sabes.