Sí, yo también pienso que era por ese motivo. Jacob vivo = Humo Negro no puede escapar, algunos de los 6 candidatos vivos = Humo negro no puede escapar. Por lo tanto el HN los quería a todos muertos, Jacob y los candidatos, para poder irse.
Sin embargo, cuando Jack es líder de la isla, ya no hay candidatos, luego el Humo Negro puede escaparse. Supongo que Jacob decide quien entra y quien sale de la isla y sus reglas se aplicaron incluso post-morten, como la presunta regla de la mamá adoptiva de ambos, de que no pudieran herirse mutuamente. Esa regla se aplicó después de muerta.