Hombre, que te aparezca Harry vivo después de su muerte épica siguiendo siendo amigo de Peter como si nada. O Flash sin piernas, que las perdió en la guerra. Que no sé qué habrá pasado después, claro..Pero de manual no es. Y una cos es que te introduzcan retrocontinuidad que me parece muy bien, y otra es resetear o contradecirse.
Me pones unos ejemplos de una cosa y me hablas del Mefistazo ahora, aclarémonos.

El Mefistazo fue un descontrol, un "pues ahora cambia esto" y nada más, aunque al final todo esto si que lo tuvieron que explicar. Por ejemplo pones lo de Thompson, pero es que el pobre hacía tiempo que no se asomaba en la colección, y vamos, su "cambio" es de lo más normal, volvía de una guerra y ya no tiene piernas, sencillo, no es que "siempre ha estado así".

Pero con lo de Harry en cambio estaba el "misterio" de porqué aparece, que dan una explicación bastante pobre y simple hasta que se arregla en la etapa de Nick Spencer (y sí, tristemete se explica todo en lo relacionado a él).