El "almacen" es la distribuidora. No lo tienen, lo piden y en 2-3 días llega. Si piden pagar por adelantado será porque al ser nuevos no tienen saldo a su favor de las devoluciones. Las tiendas tienen que pagar las compras al momento, pero tardan en cobrar las devoluciones, y al final se crea un saldo del que van pagando a cuenta nuevas compras. Es un agujero de dinero que retienen las distribuidoras y entrampan a las tiendas.
Almacenes solo tienen tiendas muy grandes, o muy antiguas con lo acumulado por años, o las que en realidad se dedican principalmente a venta online y si ponen una tienda, ventas locales aparte, las tiendas las usan como imagen de marca/franquicia.
Tener almacen supone tener otro alquiler o local y al menos una persona para gestionarlo. En una tienda pequeña es un gasto tremendo que lo normal es que no compense.
Lo más probablemente sea eso que estás comentando

Por cierto, he vuelto a acercarme a la tienda. Esta vez, sólo estábamos 4-5 personas, así que he podido ver lo que tenían tranquilamente.
De lo que pude escuchar a clientes con el dependiente... solo hablaban del famoso almacén

Según el chaval dependiente, en el almacén tienen el triple de cosas, y en la tienda estaban "probando" a ver qué cosas funcionaban y tal (tiene sentido). Luego a otra cliente le pasó lo mismo, buscaba algo, pero... "está en el almacén". Yo puse el oído todo el rato, y la palabra almacén salió en contadas ocasiones. Y también escuché que ayer alguien pedía el tercer tomo de Invencible pero... "en el almacén".
He podido ver con tranquilidad todo lo que había.
Básicamente: One Piece 3 en 1 (varios números), Berserk Master Edition nº 1, algunos números de Jojo's Bizarre Adventure, algunos números de Death Note, alguno de Dragon Ball, alguno de Naruto... y luego varios mangas que ni puñetera idea de cuáles eran. Eso por la "zona central" de la tienda. En un lateral tienen grapa de Marvel, y en el otro lateral las grapas de DC. Hay muchas grapas, lo que más. Y bueno, he visto bastantes "All In", cosas de Nightwing, Green Lantern, Wonder Woman... la actualidad deceíta, vamos. Luego también algún que otro Marvel Saga, Premieres de Marvel y cosas así. Había también algún que otro DC Must Have, como Batman El Largo Halloween. De Hellboy vi los 2 primeros integrales. De europeo vi un tomo de Juez Dredd, 1 tomo integral de Blueberry, varios Tintín y Astérix... poca cosa. También había algunos cómics de The Witcher, uno de Cyberpunk, uno de Pokémon. Algún que otro funko-pop por ahí suelto. Ah, y una máquina recreativa Arcade muy molona, que ocupa espacio pero da caché y molonidad por frikismo, y eso está guay.
Está claro que con tranquilidad y sin agobios de gente uno puede fijarse más en las cosas detenidamente, pero también me he fijado en una cosa preocupante: las cosas que vi ayer... también estaban hoy. O han vendido poco, o han repuesto rápidamente, pero lo dudo. Me he dado cuenta de que lo tienen enfocado mucho "a la grapa de Marvel y DC"... son 2 laterales ocupados llenos de grapas. El problema que veo aquí es que no veo yo a la gente de esta tierra comprando grapas. Por lo que hablé con dependientes de otras tiendas, la grapa es prácticamente un formato muerto, cada vez salen más caras y la gente apenas las compra.
Esta vez les he pillado un cómic, de Spiderman. El chaval me atendió estupendamente, se le ve muy alegre e ilusionado con el proyecto. Parece simpático y buena gente. El otro señor que anda por allí imagino/supongo que será su padre.
Espero que les vaya bien, poco a poco. Sus principales problemas van a ser tener El Corte Inglés justo al lado, el espacio físico limitado para traer material a la tienda... y que la gente de por aquí apenas compra cómics (es algo preocupante y triste... pero real).
Tampoco soy yo su "cliente objetivo". Básicamente ya tengo "tó lo gordo", y las cosas que busco las compro o encargo en mis tiendas habituales, y son cosas cada vez más "concretas". Por cierto, también me pasé por casadellibro... y allí sí que tenían los cómics que buscaba (me he agenciado Midnight Nation y Evil Dead: Posesión Infernal).
Así que básicamente eso ha sido lo que he visto.