Hombre, según tengo entendido el elenco de guionistas de Marvel no conocía lo que iba a suceder en las Secret Wars más que a grandes rasgos, y en la medida en que eso afectaba a los personajes que llevaban: el traje negro de Spidey, La Cosa desaparecida y Hulka ocupando su lugar, Hulk con la pata chula... En gran medida mucho de las Secret Wars se iba improvisando sobre la marcha a medida que tenían lugar reuniones con los responsables de Mattel para sacar nuevos juguetes.
La aparición anterior del Dr. Octopus a las Secret Wars fue en Peter Parker #79, en esa recordada historia de Bill Mantlo donde Spidey parece derrotar de forma definitiva al villano. Tiene fecha de junio 1983, justo un año antes a la aparición del personaje en Fantastic Four. Como bien decís, el guión de Secret Wars #1 fue escrito posiblemente de forma simultánea al del Fantastic Four #267, por lo que no me parece un fallo de Byrne, sino más bien que Shooter tenía que "acoplarse" como pudo a la situación pre-existente del villano a la hora de devolverlo a la Tierra.
¿Mi opinión para ganar un No-Premio? Que Octopus llevaba unas semanas (un año de publicación de comics Marvel) internado en ese psiquiátrico tras ser derrotado en Peter Parker #79. El Todopoderoso lo hace desvanecerse por unos días para transportarlo al Mundo de Batalla y reconstruye sus tentáculos mecánicos. Al final de Secret Wars #12 el Hombre Molécula lo devuelve al mismo psiquiátrico, interpretando sus doctores que se había fugado de forma inexplicable, y poniéndose a continuar su tratamiento (de ahí que parezca que lleva un tiempo de terapia). Los nuevos tentáculos, creados por el Todopoderoso, son confinados.
De todos modos esos errores de continuidad con las Secret Wars son prácticamente la trama de una de las historias de Byrne en relación al Dr. Muerte.