esos comics de Secret Wars de principios de los ´90 (casi 20 tacos amigo, ¿no te da pena por muy reeditados que estén?).
En caso que estés totalmente decidido a hacerlo sería así:

no, tengo varias ediciones ya, el tomo de planeta, el coleccionable de panini, la primera y segunda edición de forum....
porque una de ellas la "destroce" arrancando el complemento del caballero luna, para tenerlo aparte encuadernado (y aislado, puesto que no hay más material

) tampoco va a pasar nada

Quitar las grapas y con tijeras cortas por el doblez (no te tuerzas) las páginas perfectamente ordenadas de lo que quieres encuadernas. A veces la "vuelta de página" no te interesa por venir publicidad u otro trozo de historia que no es lo que deseas. Para estos casos me hacía una página "tipo" con alguna ilustración que viniera al caso (como hace Panini también) y la pegaba bien pegada para cubrir estas páginas que no quería. Tantas copias de página tipo como páginas no deseadas. Preparaba el texto para la encuadernadora y me iba a una encuadernadora lo más económica posible siempre y cuandotrabajara bien. Lo mismo que con el tomo funda: color libro, tipo letra y texto y color texto. Así de sencillo. Luego a esperar y a cruzar los dedos para que te lo hicieran bien.
La encuadernación artesanal hecha por ti mismo ya requiere coser "libritos" y tal que no se puede hacer con páginas sueltas y no te lo recomiendo. Lo mejor es llevar a un profesional el trabajo y aun así te puede quedar poco a tu gusto si no se lo dejas todo muy claro.
Te saco las fotos y decides. Salud amigo! 
entonces me aconsejas más que vaya a la imprenta/fotocopiadora/papelería más cercana y que me lo encuadernen ellos en plan librito, no?
pues mira, más fácil si es, la verdad
y me resuelves una duda principal, que era si las hojas las tenía que dejar individuales o dobles

individuales se quedarían

preguntaré a ver antes de arrancar nada
saludos