En mi opinión, el problema no creo que sea elegir entre una historia actual y una antigua. Es cierto que la continuidad no puede ser un corsé que te impida hacer cosas.
El problema existe cuando se hacen las cosas mal por vagancia y por no conocer lo anterior, por sudártela. Hay cosas que no cuadran y que se podrían hacer perfectamente de manera que sí lo hicieran sin dañar en absoluto la historia que se quiere contar. Si no se hace es porque el autor, o el editor, no se han preocupado por saberlo, o no les ha importado. Los detalles son importantes para dar credibilidad a una historia, y no hacen que un lector nuevo se pierda (porque no los conoce) y en cambio sacan de sus casillas a lectores veteranos por chorradas que se podrían solucionar con un poco de profesionalidad por parte del autor.
Un ejemplo sencillo que creo que es ilustrativo. Bendis elige que la Bruja Escarlata no recordaba a sus hijos para montar Desunidos, aunque haya historias anteriores que lo contradigan. Vale, acepto barco, es su leit-motiv de la historia, manipula conscientemente (o eso espero) para seguir su propósito al servicio de una historia mayor sobre la cual construye (otra cosa es que esa historia sea buena o mala, eso es otro cantar). No se ata a la continuidad en aras de contar su historia. Quizá no me guste pero puedo llegar a entenderlo. Bueno.
Ejemplo de poco currado: no me molesto en hacer que los personajes suenen y actúen como son, que actúen dentro de personaje. Los cambio sin ningún tipo de miramiento ni explicación. De una viñeta a otra. Vuelvo a la versión del personaje de hace 30 años porque no he leído nada más. O directamente me invento una nueva personalidad para él. Al lector novato no le extraña (tampoco le extrañaría si actuaran como deben, porque no los conoce de todos modos) pero al lector veterano se le llevan los demonios, sobre todo porque se da cuenta de que lo que pasa es que el autor directamente no conoce al personaje. Porque ese personaje podría, dentro de la historia que está contando, sin afectarla, actuar como debe.
No sé si me he explicado.