El único problema que le veo a la recopilación de historias tan complejas, más o menos extensas y con tantas ramificaciones como Civil War es que está pensada para ser leída en grapa, mes a mes.
No es absolutamente necesario hacerlo así, claro, y menos a cuatro años de distancia de cuando comenzaron a venderse esos tebeos en nuestro país. De ahí que leer la historia en tomos de una manera bien ordenada es una buena manera alternativa de acercarse a su lectura.
Obviamente, lo primero que hay que leer de Civil War es Preludio.
A continuación, claro, el tomo de Civil War.
Después, el de Civil War. Primera Línea, que es el que más directamente se relaciona con la trama principal y la que va más en paralelo, y que no aparece en tu "listado".
A continuación, el tomo del personaje que más te apetezca; Spiderman primero y después Lobezno es un buen plan. El que se ha decidido en Panini para publicarlo es, probablemente, el más acertado, aunque puedes trastocarlo y no te va a resultar difícil seguir la historia.
Hay momentos en los que es muy, muy evidente el paralelismo que decía al principio entre la serie principal y algún capítulo de otro tomo, especialmente el de Spiderman. Pero, fuera de esos momentos (el acontecimiento X se ve en ambos tebeos, pero evidentemente no se ve ni se plasma igual), el orden de publicación en los tomos Marvel Deluxe de toda la saga de Civil War en España es la mejor manera de leerla hoy en día.