Aunque leyendo la mini serie ha quedado un final abierto de momento no hay continuación y lo del nº parece que lo suele hacer Panini con frecuencia o si no mira tu estantería y veras varios números 1 sin número 2 a continuación. 
Que el título de la serie limitada sea "El Regreso" tb es bastante significativo de que la intención es que haya mas y que Davis y Marvel han llegado a un acuerdo para seguir publicando historias de esta familia.
Lo del Nº 1 en los tomos, supongo que es en previsión a la posibilidad de un nuevo tomo dedicado a ese personaje y no pase lo que comenta Fanpiro, o sea, un tomo 2 sin tomo 1, algo que parece raro en el mundo de los libros/comics pero que es habitual en otros ámbitos como el cine en el que las segundas partes suelen conservar el mismo título y se añade el 2 cuando la original no lleva ningún 1 (las películas de X-Men y Spider-Man por ejemplo, aunque, sobretodo la segunda, contaban con amplias posibilidades de hacer una continuación).
Regresando a Clandestine, pensaba que los últimos números del vol. 1, sin alan Davis, no han sido incluídos en la recopilación, no es que sean importantes ya que el propio Davis se deshace de ellos maestralmente en un par de viñetas de la serie limitada con la Patrulla X (MG 2), muy recomendable desde mi punto de vista para aquellos interesados en una historia perfectamente planeada y ejecutada, sin cabos sueltos. Todo encaja perfectamente al final de la misma (especialmente en la viñeta doble que hay en las últimas páginas

).