Transmetropolitan no he leído, y Muertos Vivientes tengo en pendientes (después de que me la recomendaran por todos lados).
Nos queda Eternos de Gaiman, Civil War de Millar y los nuevos Thunderbolts (te refieres a la última, la que se publica actualmente, imagino) de varios.
Eternos es genial. Son 7 numeritos muy bien hechos, con un dibujo de Romita estupendo y personajes muy interesantes. Me leí los 7 del tirón porque no podía parar y se tratan de manera muy realista aspectos que generalmente se pasan algo por alto ¿He dicho ya que es de Gaiman?

Muy recomendable

Civil War, lo que es Civil War... no es para tanto, la verdad. El cruce me gustó bastante, pero porque intervenían cantidad de series que superaban la principal. Eso sí, si sigues el UM actual muy rigorosamente, igual te convendría leerlo, porque suceden cosas importantes que tienen repercusión hoy en día. Por lo demás...
Los Nuevos Thunderbolts es una serie buenilla, no tan sobresaliente como Eternos, ni tan importante como Civil War (de hecho, sin Civil War no tiene casi sentido leerlo, porque está bastante ligado) pero se deja leer. Además parece que irá a mejor (con eso de la nueva situación del UM). Pero vamos, si quieres seguir una serie regular actual de Marvel, son mejores Factor X, Thor, Daredevil...
Un saludo.