A mí me pasa, cada vez menos, pero con mensajes que no son míos. Entro en un hilo, cierro y me vuelve a aparecer en el listado de hilos con mensajes nuevos sin leer. En ocasiones entro dos o tres veces y se elimina de la lista, y en otras he tenido que emplear la opción marcar hilo como ya leído.
También he observado que esto sucede mayormente cuando te saltas el orden ascendente de la lista de hilos con mensajes desde tu última visita. O cuando es el último mensaje de la lista.