Duda 1: ¿Las historias del coleccionable que son de Uncanny no tienen "versión extendida" (por llamar de alguna forma a las historias con añadidos de Classic)? ¿O tienen pero se decidió no utilizarlas?
Los números USA Giant-Size #1, y X-Men #94-121, salvo 106 y 110 tienen todos "esa versión extendida". En el coleccionable en algunos de esos números se usó la versión extendida y en otros no. Ni idea del motivo.
Duda 2: ¿el futuro OG de Classic incluirá los añadidos o todo el número de Uncanny retocado? ¿Y las historias extras?
Se incluirán las historias nuevas, cubiertas, ilustraciones, las páginas nuevas y, en el caso de las viñetas cambiadas, una comparativa entre la original y la cambiada. Las páginas no modificadas no se incluirán.
Duda 3 (esta sería más para Pato): ¿los añadidos de Classic entran en continuidad? ¿Sólo añaden o también cambian cosas?
Cambian cosas, muchas veces para ajustarla con la continuidad posterior. Por ejemplo, Rondador Nocturno originalmente era literalmente invisible en las sombras, y luego pasó simplemente a ser difícil de ver. En Classic X-Men se ajustaron números de X-Men en los que hacía uso de ese poder para quitárselo (ver, por ejemplo,
https://imgur.com/a/TfV6lNP). Cuando se escribieron esos números se suponía que corregían errores en los números de X-Men, por lo que en caso de discrepancia los Classic eran la versión "canon" mientras que la otra era la versión "con errores". Luego cada guionista referencia la que quiere, y cada cual puede pensar que la "canon" es la que más le gusta. Las diferencias son mínimas, y más si las comparamos con las retrocontinuidades que se han metido desde entonces.