Hay dos puntos importantes en eso:
1-Este es del cómic y sobre la caracterización del personaje, no es un spoiler de trama ni similar: Thanos, siempre tiene un deseo subconsciente de derrota. Está en su psicología y lo estableció Starlin. A cierto nivel quiere que lo detengan y se sabotea inconscientemente, porque aunque sabe lo que tiene que hacer, en el fondo no desea tener éxito. Por eso da oportunidades que no debería dar.
2-El uso de las gemas en la película es mejorable. Evidentemente todo acabaría en un plis si el portador quisiera, ya que ejercen poder sobre la misma realidad. En el cómic, Thanos prácticamente juega con todos los héroes, y nunca hay sensación de peligro real para él, que asciende a un nivel abstracto. En la película, por acción y trama, debe esforzarse más, por lo que parecen haber reducido los poderes de las gemas.