Los del Capitán América sí van numerados, por lo que solo tendrías que buscar el primero (que además se titula "Otro tiempo", por si quedasen dudas).
Civil War no necesita ir numerado, ya que trae toda la serie en un único tomo, aunque primero puedes adquirir "Preludio", que va justamente antes, pero no es imprescindible. Y si quieres ser completista siempre puedes coger los tomos de "Civil War" de los diferentes personajes (Spiderman, Lobezno, 4 Fantásticos, Nuevos Vengadores...) o el tocho que contiene "Frontline" (que no he leído, pero se supone que es de lo mejorcito del evento).
Si lo que te preocupe es saber si los tomos del Capi van antes o después, los primeros suceden de forma previa a la Civil War. De hecho sabrás que la has alcanzado cuando llegues al tomo que lleve ese título (el cuarto, concretamente).
Las series actuales cambiarán bastante tras las Secret Wars, así que no sabría decirte... Pero en principio Spiderman siempre es una buena apuesta.