Por personajes, y dentro del personaje por orden de lectura.
Yo también, pero en grandes líneas. Es decir, tengo una balda de la estantería para Hulk, y ahí meto también algún derivado suyo como Hércules, Hulk Rojo, etc., además de números que he comprado por que salía Hulk, como tomos de BM de 4F y Iron Man.
En otra balda tengo a Thor y al Capi, por rememoranza de la época de Marvel Two in One de forum. También meto ahí la BM de los Vengadores, y si sigo con el grupo, ahí iré poniendo cosas hasta que quepa
Otra para mutantes, en general. Otra para Spiderman y Daredevil. Otra para Conan y Sonja, otra para cósmicos, así en general.
Después, en cada balda, cronológicamente. Por ejemplo: primero la BM de Hulk, después el coleccionable, después retapados, después los tomos de Paul Jenkins, después los de Bruce Jones, después Hércules, después Hulk Rojo,... Las grapas van en cajas, también ordenadas cronológicamente.