A ver, primero de todo los derechos no corresponden a Fox sino que ya dijeron que ambos personajes pueden ser usados en cualquiera de las dos franquicias, Vengadores y Patrulla-X.
Y luego, el tema de que sean mutantes dudo que pueda suponer un problema.
Dejando de lado que el término mutante no es algo exclusivo de Marvel y que ha aparecido en no pocas películas, estoy casi seguro que pueden llegar a un acuerdo y usar el término sin problemas. Pero si no ya se inventarán algo parecido, yo que sé "poderes de origen genético desconocido", "mutaciones genéticas" o mil posibilidades más.