Hombre, muchos. En principio lo básico es que Mr. Fantástico tiene un manejo más sutil (se le ha visto hasta estirar sólo un ojo o pasar a un estado casi líquido) y además parece necesitar menos esfuerzo para manterse estirado (Luffy sólo se estira durante unos segundos cada vez a menos que lo fuerce, no puede permanecer estirado permanentemente). Además, Luffy tiene superfuerza, claro, pero eso no le viene de sus poderes sino de su entrenamiento, como pueden tenerla Zoro o Sanji.
Conforme vayas avanzando a lo largo de la serie verás que Luffy va aprendiendo nuevos trucos y distanciándose mucho de Mr. Fantástico.