Pues yo opino que debería ser llamada Vol. 3 la nueva serie.
Lo que pasa es que todas las series las tenemos así y sería un curro cambiarlo. Por ejemplo, la primera serie regular de Lobezno publica Wolverine vol.1 porque la limited es otro volumen 1.
Cambiar el volumen 2 (limited) a volumen 1 sería coherente con la forma en que lo contamos todo.
Eso sí, yo en las cronologías lo cuento como tú dices, sin distinguir entre limiteds y series regulares, y no pienso cambiarlo ahora, que también sería otro curro.