Como orden para ver las series yo diría que el mejor orden sería
1º TNG hasta el final
2º DS9 hasta el final. Su inicio va entre medias de TNG y finaliza cronológicamente una vez acabada TNG
3º Voyager hasta el final. Su inicio iría entre medias de DS9 y finaliza cronológicamente una vez acabada DS9
No hace falta verlas mezcladas ordenando por la fecha estelar ya que no hay spoilers de una a otra, si acaso una cosa que pasa en TNG y que se relaciona con un episodio de Voyager. Es muy complicado pillar la referencia aunque se hayan visto todos los episodios de las 3 series, pero en
http://memory-alpha.wikia.com/wiki/Portal:Main lo explican muy bien... Lo pongo en spoiler por si alguien quiere saber que es, no recuerdo exactamente en que episodios era, pero si recuerdo la historia que los enlazaba.
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Así que se puede decir que es una especie de crossover entre TNG y Voyager, pero es algo muy sutil y ya digo que yo no me di cuenta hasta que lo leí en la web que enlacé antes. La verdad es que esa web es bastante buena para pillar referencias de personajes y sobre tramas que se te pueden pasar con tanto episodio de una serie a otra, así que al final me acostumbré a leer el apartado de esa web relativo al episodio que acababa de ver justo al terminar.
Además, si alguien se pone con las películas a la vez que las series, que tenga cuidado porque en Star Trek Nemesis (que es la última de ese período temporal y se filmó en 2003) hay un spoiler muy gordo si no se ha visto Voyager completa.
PD: A mi sólo me falta ver la serie original de Kirk (TOS, 3 temporadas) y la serie animada (TAS, 2 temporadas) que completan el viaje de 5 años de la Enterprise original al que se hace referencia siempre.