Creo que sólo podrían los cósmicos, sip. Los demás, muy poderosos, supongo que podrían llegar a un empate, pero no podrían destruir al Dr. Manhattan, puede regenerar su cuerpo o sus cuerpos siempre que quiera.
De todas formas, sólo hay un momento de Watchmen en el que podemos intuir los límites del poder del Dr. Manhattan, y es en el ensayo sobre él en el que se comenta que si la URSS disparase todas sus cabezas atómicas a la vez contra EEUU, el Dr. Manhattan sólo podría detener la mitad.
Goku, por tanto, creo que podría resistir a él hasta en modo super-saiyan sin más. Eso sí, como decía, sería empate, no hay nada que pueda hacer para derrotarle.