Yo esa escena la veo como la representación de Kirby como dios dentro de los cómics, sobre todo de Marvel, encajando dos cuestiones sobre el autor: ser co-creador de los personajes y ser co-creador del Universo Marvel. No creo que Waid quisiera representar nada más, ni meterse en más historias.
Por otro lado, que Reed crea en dios, me da igual la religión que escoja, tampoco es algo tan raro, muchos integrantes de la comunidad científica pertenecen a alguna religión o son creyentes. Ten en cuenta, que este tipo de cosas está más relacionado en el entorno en el que te hayas criado que en otra cosa y las costumbres culturales de cada zona. La Semana Santa y sus procesiones, es un bue ejemplo de ello. Vamos, que no le veo nada raro a que Reed crea en Dios.