Ecetivamente, el orden cronológico sería:
Omnigold- Extra Superhéroes - Marvel Deluxe.
En principio y por ahora no se han solapado etapas.
La etapa que comentas, Astonishing X-Men, es muy recomendable en sus primeros 4 tomos, y autocontenida. Es decir, historia completa en 4 tomos (hay un 5º tomo ahí enmedio, de la Canción Final de Fénix, que está ahí de tapadillo porque no tiene nada que ver)
También te recomiendo el coleccionable de los New X-Men de Grant Morrison, muy buena etapa aunque el tono es absolutamente diferente al resto. Iría cronológicamente entre los Extra Superhéroes y los Deluxes.