Mis historias favoritas de Superman son dos de Alan Moore: una ya la han propuesto, ¿Qué le sucedió al hombre del mañana?, y la otra es Supreme, que supongo que no valdrá, al ser una versión apócrifa.
Aparte de esto, recomendar la colección Superman Adventures al completo, adaptación de la serie de animación de los 90, y si hay que citar una historia en concreto, creo que me quedo con el nº 24, una gran historia del Parásito por Mark Millar (un guionista que generalmente me horroriza, pero que cuando escribe a Superman parece otro).
Y otra para la lista: Hitman nº 34, con otro guionista que uno nunca esperaría que entendiera al personaje a la perfección, y resulta que sí: Garth Ennis.