Si los mutantes ya existen en el UCM y SHIELD los haya estado ocultando puede tener muchos problemas de continuidad, teniendo en cuenta por todo lo que ha pasado SHIELD ya. HYDRA infiltrada, secretos revelados, disolución,... y no olvidemos la serie de Agents of SHIELD que forma parte del mismo universo. Se ve complicado que hayan podido ocultar algo tan importante. Además, parece que va a ser la solución que le van a dar a Capitana Marvel, seria repetitivo.
Apuesto más, o por realidades alternativas, o por usar a Wanda para introducirlos como ya han dicho por aquí
A mí la explicación más molona que se me ocurre para encajar a los mutantes en Marvel y su prolongada ausencia todos estos años es establecer por retrocontinuidad el «no más mutantes» de Wanda. Quizá no sea el mejor punto de partida, pero sí el que entraría como un guante. Hacer un Dinastía de M y que todo volviera luego a la normalidad sería la excusa perfecta para poner a Vengadores junto a mutantes
Que los mutantes hayan aparecido en la época de los 70/80, una época que no se ha mostrado todavía en el UCM. Que Wanda de niña o adolescente en esa época haya modificado la realidad para que desaparecieran los mutantes, y la memoria de la gente para olvidarlos y modifcar su origen. Y que todo se haya desarrollado tal y como hemos visto. Ahora, presentar una nueva amenaza por la cual se vuelvan a necesitar a los mutantes, Wanda tenga recuerdos o recupere la memoria de lo que hizo, y volver a la realidad donde los mutantes existen, sus orígenes mutantes, y donde incluso es hija de Magneto. De esta manera sorteamos el efecto "todo ha sido un sueño" que puede no sentar bien a los expectadores y fans, y la explicación tiene bases comiqueras.