Yo digo que:
Los gráficos son mejores en Infamous, sin embargo en Prototype aunque no sean gran cosa la iluminación si me parece muy cuidada, uno de los problemas de Infamous es que aunque es un sandbox, no esmuy divertido pasearse por la ciudad, al principio es gracioso ver escalar los edificios a Cole, pero al cabo de unas horas llegas antes a donde quieres ir corriendo por la calle que saltando por las azoteas, aunque al poco tiempo puedas "surfear" por los cables de alta tensión, en Prototype esto no pasa, los poderes de Alex son mucho más bestias y más divertidos de usar, puedes planear, dar grandes saltos, trepar por las paredes, y tiene muchos combos con sus transformaciones, ir por ahí partiendo (literalmente) a los peatones no tiene precio, las misiones son mucho más variadas en Prototype, en Infamous se repiten mucho (elimina a tantos enemigos, reestablece la energía en la ciudad, sigue a tal tipo).
Además la ciudad es mucho más viva en Prototype, y cuando la infección esté bastante estendida es la leche