Sin ser yo expertísimo, parece ser que la intención original de las Clone Wars 3D cuando empezaron a producirse eran ser un complemento a las Clone Wars 2D, que ambas entraran en continuidad. Ahora, sin poner mucho cuidado. En realidad, entre las dos series tampoco hay muchas discrepancias.
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Pero bueno, sin ser discrepancias muy fuertes, existen, y cuando Disney dividió el canon se quedó con la serie 3D y desechó la 2D. En mi opinión, fue una decisión correcta.
También puede ser interesante resaltar que se hayan reincorporado al canon algunas cosillas de la serie 2D: por ejemplo, recientemente, el hecho de que Shaak Ti perdiera su sable-láser protegiendo a Palpatine en la Batalla de Coruscant, tal y como pasó en la serie 2D.