Yo no soy ningún experto en St, pero compré y visioné en su momento las 3T de la serie original. Bueno, miento, aun no he visto los últimos, pero recuerdo el episodio que dices.
Tengo también un libro titulado STAR TREK CHRONOLOGY y acabo de revisarlo. En él comentan que "The naked time" (título original de horas desesperadas) fue planificado como una historia de dos capítulos, pero el guionista del episodio abandonó la serie antes de escribir la segunda parte. Quizá por ello encuentres esas dudas sin explicación. Mera conjetura mía, claro. También comentan que algunos de los temas de este capítulo son retomados en el episodio "Tomorrow is yersterday" (T1 ep. 19)
Respecto a tu segunda pregunta, sobre Miri, en el libro de Alberto Santos titulado "Star trek la aventura continúa" en el que resume capítulo a capítulo todos los episodios de las 3 temporadas de TOS, comenta que es un episodio con muchísimos fallos de guion y pone varios ejemplos, aunque en ningún momento se plantea la duda que tu expones.