Ya hemos tenido 2 sagas en el cine con lo típico de los X-Men: un grupo tipo superhéroes que tienen su base en una escuela que es su fachada...
No sé, podría apostar por algo más actual: los mutantes viven en Krakoa, una isla que está en una especie de "bolsillo" espacial (algo creado por otro mutante, con poderes tipo Franklin Richards).
Es un refugio para mutantes, cada vez que aparece uno, va un equipo a rescatarlo sin dejar rastros. Ese equipo de "operaciones especiales mutantes" son los X-Men, o X-Factor, lo que quieran. El nombre es irrelevante.
En algún punto pasa algo y Krakoa aparece en el panorama mundial (o si quieren lo cambiamos por algo tipo Asteroide M, que dentro es una ciudadela mutante llamada Genosha) y eso gatilla que los mutantes se involucren con el resto del UCM, con Avengers y 4F. Y tenemos conflictos para varias peliculas